Fue declarada Monumento Artístico Nacional en 1942 y se cree, sin certeza histórica, que su construcción data del año 1255. Fue reedificada en los primeros años del siglo XVII. Ha sido cuna de las órdenes de jesuitas y calasancios y morada de San Ignacio de Loyola y San José de Calasanz.
La ermita es sede de una de las cofradías más antiguas de la ciudad: la Cofradía del Cristo de los Doctrinos, fundada en 1661. La imagen que veneran y procesionan sus cofrades preside el interior de la capilla. Se trata de una talla de 1590, labrada en maderas nobles por el jesuita Domingo Beltrán. También se le conoce como el Cristo Universitario porque los estudiantes se encomendaban a él antes de los exámenes.
La capilla acoge el sepulcro renacentista de doña Catalina de Gamboa y Mendoza, muerta a la edad de trece años. También destacan el pequeño púlpito de madera que sobresale de la pared y un largo banco corrido del siglo XVI.
Son también lugares de interés la sacristía, transformada en museo sacro, y el patio ajardinado de la ermita, conocido como Corral de Mataperros. Mientras que la capilla puede visitarse todos los días en horario de culto, la sacristía y el patio necesitan de un aviso previo a un miembro de la cofradía.
